پس از ورود دین اسلام به ایران، مسجد جامع یزد در حریم قنات باغ زارچ ساخته شد؛ ساخت این بنا روی قنات موجب پر شدن آبانبار وسیع زیر مسجد شد و امکاناتی برای ساخت پایابی برای وضو گرفتن در فضای داخلی مسجد ایجاد کرد. میلههای قنات زارچ یزد هنوز هم در فضای مسجد جامع یزد به چشم میخورند و پایاب وضو هم همچنان برای عموم قابل استفاده است.قنات زارچ یزد از حوالی دشت فهرج آغاز شده و پس از گذر از روستاهای خودیک، دهنو، قاسمآباد و اکرمیه وارد شهر یزد میشود. این قنات از زیر محلات مختلف شهر از جمله میدان مرکزی شهر به نام میدان امیر چخماق عبور میکند و در نهایت پس از طی بازار اصلی شهر و مسجد جامع، از شهر یزد خارج شده و مسیر خود را به سمت شهر زارچ ادامه میدهد. قنات زارچ یزد که در عمق 86 متری زمین حفر شده است، دارای سه شاخه جداگانه به نامهای شیرین، شور و ابراهیم خویدکی است. آب شاخه شور، واقعا شور است و برای همین هم به نام شاخه شور شناخته میشود. علت این شوری، مادرچاه این شاخه است که در منطقه آب شور قرار گرفته است. جالب است بدانید که آب این شاخه از قنات زارچ یزد کیفیت کمتری نسبت به شاخههای دیگر داشته است. شاخه شور با طولی نزدیک به 72 کیلومتر، از پایاب مسجد جامع میگذرد؛ پایاب مسجد جامع با 60 پله به آب قنات دسترسی دارد. قناتی که در مسجد جامع یزد وجود دارد به شدت بد بو بوده و باعث میشد که خیلی ها از بازدید از اون امتناع کنند اما ما به سختی با وجود اینکه هوای بدی داشت و پله های زیادی اما باز به پایین رفتیم برای بازدید که یکی از افراد گفتند به دلیل موندن زیاد آب در اونجا بو گرفته. به نظرم این میراث جهانی باید بیشتر بهش اهمیت داده بشه و رسیدگی بیشتر نیاز داره.