معبد باخوس یا معبد کوچک، دومین معبد در داخل مجموعه معابد تاریخی بعلبک است که اکنون به نمادی از شهر بعلبک تبدیل شده است. باخوس الهه ای در روم باستان است و این معبد کوچکتر از معبد ژوپیتر و در کنار آن قرار دارد. معبد باخوس در نیمه دوم قرن دوم میلادی بنا شده است. مساحت داخل معبد ۶۹ در ۳۶ متر است و ۳۳ پله به عرض ۵/۶ متر پلکان ورودی آن را تشکیل می دهد. دور تا دور معبد ۵۰ ستون به ارتفاع ۱۸ متر و به فاصله ۵/۲ متر از همدیگر قرار داشته اند که ۸ ستون مقابل ورودی معبد به طور کامل تخریب شده و ۳۵ ستون در دور تا دور معبد باقی مانده است. معبد باخوس نسبت به دو معبد دیگر در طول زمان آسیب کمتری دیده است. دیوارهای دو طرف داخل معبد به توسط ستونها به ۷ بخش تقسیم می شود که در هر بخش یک طاقچه دو طبقه ای قرار دارد که قسمت پایینی هر طاقچه دارای آرک می باشد. در دوره تسلط عثمانی ها بر این منطقه، سلطان عبدالمجید دستور بازسازی این معبد را داد که دستور او بر کتیبه ای داخل معبد حک شده است.