مسجد سید، یکی از مساجد اصفهان است که در طی دوران قاجاریه و به همت سید محمد باقرشفتی ( امام جمعه وقت اصفهان ) ساخته شد .
ویژگی بارز مسجد سید استفاده از کاشی کاری های دوره قاجاری با رنگ های متمایل به قرمز و نارنجی است .
مسجد سید مناره ندارد و حدود چهل حجره برای طلاب علوم دینی در طبقه فوقانی شبستان این مسجد دارد . ضمنا یک بنا شبیه چهل ستون در پشت ضلع شرقی این مسجد وجود دارد که ظاهرا محل سکونت یا تدریس سید محمد باقر شفتی بوده است . این ساختمان از داخل مسجد دیده نمی شود و مسیر دسترسی آن از طبقه فوقانی شبستان شرقی مسجد می باشد .
آرامگاه سید محمد باقر شفتی در جنب مسجد سید قرار دارد . این آرامگاه نیز از نظر معماری و کاشی کاری و تزیینات ، یک اثر تاریخی محسوب می گردد .