از جمله الحاقات بقعه شیخ صفی الدین اردبیلی که در زمان شاه طهماسب به مجموعه اضافه شده است. بجز ورودی و سر در مسجد که تزیینات زیبای معماری دارد، داخل مسجد از کاشیکاری و مقرنس یا چنین چیزی نشانی نیست. اما گنبد بلند و رفیع با قطر عریضش با شکوه است. در این مسجد یک تخته فرش به نمایش درآمده است که در حقیقت باز بافتی از فرش اصلی این مجموعه است که در موزهی در لندن نگهداری میشود. علاوه بر فرش ذکر شده اسناد خطی تاریخی و وقفی هم در این محل به نمایش درآمده است. در منابع اشارهی دقیقی به کارکرد این مسجد نشده است و روایات مختلفی ذکر شده است و آنچه مورد اتفاق است کارکرد آیینی خاصی داشته است. یک پنجرهی بزرگ ارسی در ضلع شمالی مسجد قرار دارد که مشرف به آرامگاه و حیاط مجموعه است.