ژوپیتر در روم باستان خدای خدایان بوده و الهه آسمان ها. این معبد بزرگترین و پرهزینه ترین معبد در مجموعه معابد رومی بعلبک است که بیشترین آسیب ها را نیز در طول زمان دیده است. معبد در سال ۶۰ پس از میلاد و در دوران امپراطوری نرو ساخته شده و در دوره های بعدی کامل تر شده است. پلکان ۳۵ پله ای به ارتفاع ۷ متر که عرض هر پله آن ۴۸ متر است، حیاط بزرگ و قربانگاه را به معبد ژوپیتر وصل می کند. ۵۴ ستون گرانیتی دور معبد قرار داشته است که در حال حاضر فقط ۶ ستون آن باقی مانده است. هر ستون ۲۲ متر ارتفاع دارد و حدود ۲ متر و ۲۰ سانت نیز عرض آنهاست. فاصله همه ستونها از یکدیگر بطور دقیق ۵۴/۲ متر است که نشان از دقت معماران این معبد در حدود ۲ هزار سال پیش دارد. ستونها توسط سر ستونهایی به هم وصل می شود که پر از نقش و نگارهای مختلف و زیباست. در دیوار سمت غربی معبد ۳ تخته سنگ عظیم که به تریلیتون مشهور است، هر کدام به وزن تقریبی هزار تن به کار گذاشته شده است که یکی از شگفتی های بزرگ و سوالات بی پاسخ باستان شناسان است. اینکه این سنگ ها با امکانات آن زمان چگونه تراش داده شده و به اینجا منتقل شده است، سوال بی پاسخی است که هنوز جوابی برای ان یافت نشده است.